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MGI Webinar |DNBSEQシーケンサーでのstLFRを活用したde novoアセンブル
演題1:『stLFR概要のご紹介』(15分)
 MGI Tech Japan 株式会社 フィールドアプリケーションスペシャリスト 櫻井 優

演題2:『stLFRによる高等生物ゲノムのde novoアセンブリー解析』(15分)
 株式会社ジーンベイ 上村 泰央
 DNBSEQ シークエンサーで利用可能な single tube Long Fragment Read 法(stLFR法)は、同一高分子DNA由来のライブラリー分子に、共通のバーコードを導入することで、共通の一分子DNAから得られた複数のショートリードを判別することができるシークエンス手法である。ゲノムアセンブリー解析や構造変異解析に効果的なアプリケーションであり、昨今注目を浴びている Long read シークエンス法に比べ、非常に微量のDNAから、高精度なLong range シークエンス情報を安価に得ることができる、という特長がある。本講演では、stLFRデータの解析方法について概説し、いくつかの高等生物ゲノムのアセンブリー解析結果について紹介したい。

演題3:『stFLRを用いた水圏生物ゲノム解析の新規ゲノムアセンブル』(20分)
 東京大学大学院農学生命科学研究科水圏生物工学研究室 教授 浅川 修一 先生
 当研究室では水産魚種など複数の水圏生物の新規ゲノム解析を進め、染色体レベルのスキャフォールディングを目指している。ゲノムシーケンシング・アセンブルの究極は各染色体が1本のコンティグとして構築されることであるが、それぞれの材料、解析機材、コストによって取りうる方法は分岐する。現状での一般的なゲノム解析プロセスを概観すると、ショート・ロングリードの次世代シーケンサで解読し、それらのデータアセンブルによってコンティグ・スキャフォールドを構築する。さらにそれらのコンティグ・スキャフォールドをもとに連鎖地図、Hi-C、バイオナノなどの手段で、より高次のスキャフォールディングを行い、最終的には染色体レベルの整列化を行う。この高次のスキャフォールディングを行うにあたって、そのベースとなるコンティグ、低次スキャフォールドの長さは重要であり、例えばコンティグ・低次スキャフォールドの長さが、連鎖地図の分解能、すなわち連鎖地図において独立した位置にあるマーカー間の距離より十分に大きければ大きいほど、正確かつ稠密にコンティグ・低次スキャフォールドは整列化できる。
 stFLRは以上のプロセスの中で低次スキャフォールドの形成に優れた手法と考えられたため、当研究室でゲノム解析の対象としている7種類の生物種の解析に用いた。その実験条件につてはまだトライアンドエラーの段階であるが、アユのゲノム解析についてはバイオナノ Saphyrと併用したところN50が4.26 Mbになるなど、良好な成果が得られている。本セミナーではそれらの解析の現状について紹介したい。

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